锦衣卫是明朝特有的机构，而禁军却是自古以来就有的，汉朝称为羽林军，头上插羽毛。两者区别还是挺大的。
1、性质不同
禁军是部队，拱卫皇城，防范手握兵权的将军拥兵自重，谋反篡位。
锦衣卫由太祖皇帝朱元璋于洪武十五年所创立其最初的职责是“掌直驾侍卫，巡查缉捕”又有自己的监狱“诏狱”，最后成祖皇帝朱棣时期的有增加了刺探情报，监视百官的职责。锦衣卫放到现代就有点像民国时期戴笠所领导的军统。二者前期职责都差不多都是保护皇帝安全戍卫京师，而到了后期锦衣卫就变了，成了皇帝用于监视百官刺探军情的特务机构，是明朝专有军政搜集情报机构。
2、职责不同
禁军负责有保卫皇城，防范手握兵权的将军拥兵自重，谋反篡位。禁军是负责皇帝的安全保卫的，和清朝的九门提督类似（本来是叫羽林军，自汉武帝开始有，头上插羽毛。后来人民渐渐的改将皇帝的亲卫部队。宋朝也叫禁军）
锦衣卫的是负责情报收集，就好比中统，也类似武则天的内卫，大部分是偷偷摸摸进行的。
3、组成不同
禁军由皇帝的心腹统管，没有对外作战任务。即使是御驾亲征，皇帝的安全也是由专门的卫队负责。禁军会有一部分随皇帝亲征，但大部分仍然驻防京城。
锦衣卫选取体貌雄伟、有勇力者充任，拣选民间身体健康、没有前科的男子。锦衣卫的职位可世袭，骆养性就是接任父亲洛思恭的职位。
总之，锦衣卫与历代皇家的御林军两者是完全不一样的。从性质上说，御林军是部队，锦衣卫是特务机构。从职责上说，御林军的职责是拱卫皇城，锦衣卫则执行监察职责。与御史不同的是，御史监察百官，而锦衣卫监察一切。
拓展
禁军，是封建时代直辖属于帝王，担任护卫帝王或皇宫、首都警备任务的军队。因时代、文化与地域的不同，有其他异名同义的名称，如禁卫军、亲卫军、近卫军、御林军等不同称呼。在封建时代式微后，这些名称往往成为军事荣誉称号，授予建立特殊功绩的部队。
明朝禁军分为守备京师的京营及卫戍皇城的上直二十六卫亲军，二十六卫俱称亲军都指挥使司，不属五军都督府管辖。
京营不只负责守备京师，明成祖数次出边征讨蒙古残元势力时亦以京营为主力，主要分为三大营：五军营、三千营与神机营（全军装备各类火枪及火炮，为当时世界装备最优良的热兵器部队）。平时五军营负责驻守军营，三千营负责巡逻哨视，神机营则掌各类枪炮火器。皇帝御驾亲征时，则皇帝御营居中，五军营分布防守御营之外，步兵布防内侧，骑兵布防外侧。骑兵之外为神机营布防，神机营外为堤围土墙，周长二十里，上面布置各种竹木枝刺为障护。
进入现代，除某些君主立宪国家仍保有正统禁军外，其他非名义上由君王统治的国家如民主国家、社会主义国家等，与之性质相近的军队为“宪兵”或保安部队。
