明朝特有的机构就是锦衣卫和东西二厂，有时候他们互相对立，都想扳倒对方，有时候他们互相合作，筹划阴谋。还有时候锦衣卫会效忠两厂，为两厂办事。
锦衣卫是明朝特有的搜集情报的组织，类似于现在的中情局。他们除了收集情报，还会执行特殊任务。比如送信，暗杀，保护要人。是明成祖朱元璋为了加强中央集权建立的。不过建立了没多久，因为行使权力太大，朱元璋就下令废除了。后来朱棣又恢复了，而且锦衣卫直接由皇帝任命，发布任务。
东厂成立于永乐年间，因为朱棣觉得锦衣卫是设立在宫外的组织，自己直接调配不是很方便，而且当时锦衣卫统帅蓄意谋反。在朱棣谋反的时候有一些宦官出了很大的力，所以就在宫内设立了一个专门由太监掌管的情报组织——东缉事厂。东厂起初只是负责探听情报，抓拿要犯，没有自己审理犯人的权利，捉拿的犯人要给锦衣卫处理。后来在明末东厂自己设置监狱，也能关押审理犯人。
西厂是明宪宗朱见深建立的，其建立目的是为了抑制东厂发展，更好的强化自己掌管特务机构。但是因为其人员太多，行驶的权利太大，五年后被迫废除。后来正德元年又复立了，不过五年后又被废除。
本身锦衣卫、东西二厂是合作关系，它们的存在是为了更好的帮助皇帝处理各种事务，但人都是有野心的，锦衣卫、东厂、西厂的负责人都想让自己的机构成为皇帝最信任的，所以在合作关系的同时，他们私下也有竞争关系甚至是敌对的。
东厂的首领被称为督主，因为本身明成祖的皇位来历就不光彩，他之所以建立东厂就是为了更好地监督文武百官和百姓，那么这个文武百官就包括锦衣卫。而东厂的督主一般是皇帝最信任的司礼监太监担任，如果东厂想要除掉一个人的话，除了拿出证据之外，向皇上“打小报告”也是可以的。
东厂出现之后锦衣卫的地位就直线下降，而西厂出现之后权利又超过了东厂，而且它的领导者在朝堂上拥有更多的权利，也正是因此所以后来导致了文武百官的抵制，使得西厂的辉煌只持续了两任提督。而本身明宪宗设立西厂是为了更好的掌管京城内外的情况，但西厂的持有人却利用西厂铲除自己的对手，甚至残害忠良，所以最终被废掉了。
在与锦衣卫的关系上，东厂后来居上。由于东厂厂主与皇帝的关系密切，又身处皇宫大内，更容易得到皇帝的信任。锦衣卫向皇帝报告要具疏上奏，东厂可口头直达；皇帝还赋予东厂督主以监督锦衣卫人员的权力。东厂和锦衣卫的关系，逐渐由平级变成了上下级关系 。在宦官权倾朝野的年代，锦衣卫指挥使见了东厂厂主甚至要下跪叩头。
总之，出于专制政权的内部需要，皇帝需要一个独立于官僚机构之外的势力供自己使用，东厂、西厂与锦衣卫都是这样的机构。
