三藩各拥重兵，久据数省。平南、靖南二藩各有兵力十五佐领，绿营兵各六七千，丁口各两万；平西王所属兵力五十三佐领，绿营兵一万二千，丁口数万。吴三桂功高兵强，四方精兵猛将多归其部下。清廷又擢升其部将王辅臣为陕西提督，李本深为贵州提督，吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等十人为云南总兵。三藩势力几及全国之半。
吴三桂初镇云贵，清廷曾准予便宜行事，云、贵督抚全受他节制，所除授文武官员，号称“西选”，“西选”之官几遍各地。当时有“西选之官遍天下”之说。顺治十七年，云南省俸饷九百余万，加以粤闽二藩运饷，年需两千余万。邻近诸省挽输不足，则补给于江南，致使清朝财赋半耗费于三藩。吴三桂自恃势重，益骄纵，踞明桂王五华山旧宫为藩府，增崇侈丽，尽据明黔国公沐氏旧庄七百顷为藩庄，圈占民田，迫令“照业主例纳租”，并“勒平民为余丁”，“不从则诬指为逃人”。又借疏河修城，广征关市，榷盐井，开矿鼓铸，垄断其利，所铸钱，时称“西钱”。吴三桂专制云南十余年，“日练兵马，利器械”，暗存硝磺等禁物。通使达赖喇嘛，互市茶马，蒙古之马由西藏入云南每年数千匹。他遍布私人于水陆要冲，各省提镇多有心腹。部下将士多李自成、张献忠余部，勇健善斗。其子吴应熊为额驸，朝政巨细，可以旦夕密报。于是，吴三桂自以为根蒂日固不可拔，朝廷终究不会从他手中夺去云贵。
耿精忠袭封王爵后，纵令属下夺农商之业，“以税敛暴于闽”，纵使其部下“苛派夫役，勒索银米”。又广集宵小之徒，因谶纬有“天子分身火耳”之谣，妄称“火耳者，耿也。天下有故，据八闽以图进取，可以得志”。
尚可喜在广东令其部属私充盐商，又私市私税。广州为对外通商口岸，“每岁所获银两不下数百万”。尚可喜对清廷比较效忠，但年老多病，将兵事交其子之信。尚之信素性桀骜，横暴日甚，招纳奸宄，布为爪牙，罔利恣行，官民怨恨。又酗酒嗜杀，常在其父面前持刃相拟，所为所行，日益不法。至此，三藩各据一方，互通声气，广布党羽，实际上已成为割据势力。
