清末新政由于改革政策的“支离、拖沓”和一些官员的“敷衍”，没有取得太大进展，同时也带来了一系列消极影响。
增加人民负担
为了实行新政，清政府必须想方设法筹集经费，增加了人民的负担，使中国劳苦大众生活较之同光中兴时期有所贫困化，社会矛盾无由不尖锐更甚。为了筹款，清政府不得不向下摊派，这是清末新政经费的最主要来源。为了筹饷，清政府不辞广设名目，以多方索获。如光绪二十九年（1903年）12月24日清政府发布的两个上谕，就向各省派款每年达960万两。
从光绪二十八年（1902年）起，在通商口岸征收印花税，在湖广征收房捐、铺捐；直隶袁世凯拟“每户售酒百斤，抽捐制钱一千六百文，并准其于常价之外，每斤增加十六文发售”；光绪二十九年（1903年）在吉林征收烧窑捐、车辆捐；在其他地方征收牛捐、马捐、盐商捐、绅富捐，还有户口税、丁税等。
清政府向下派款，而这些款项，各地方政府又通过提高部分商品物价从劳动人民身上索获。如此外又出现了许多新名目的税捐，如粮捐、房捐、新捐、学捐、铺捐、膏捐、统捐、摊捐等等。同时，复提税率，有由户部决定在全国公开加收的，也有由各地任意增加税率的，并允许地方官自筹税收。施行若此，“无由不使税紊贪横，未免于‘广大劳动人民’（实是某些无心专业的闲散人）造成了‘前所未有’的灾难”。对外蒙古的捐税导致“（人民）不堪其扰，相率逃避。近城（指库伦）各旗，为之一空”。
袁世凯集团崛起
以袁世凯为代表的北洋军阀的崛起，是清末新政的又一苦果。众所周知，袁世凯是靠在天津小站练兵起家的，又系靠于山东任巡抚时的灵活应变及镇压义和团运动发迹的。在新政期间，于光绪二十八年（1902年）清政府又令袁世凯训练京旗陆军，到光绪三十二年（1906年）末，北洋六镇的军队都抓在了他的手中。因此，在清末，袁世凯声名显赫，并可以左右朝政。这也使得清朝的覆亡有了它自身内部的原因，新政培育出了足以摧毁他自己的毒瘤。
加深列强侵略
清末新政时，某些经济政策的公布，客观上也为列强输出资本创造了方便条件。19世纪末20世纪初，是近代中国社会经济发展变化的一个重大转折时期：列强对华经济侵略加速扩张，民族危机空前深重，西方列强的侵略方式也由原来的商品输出为主转为资本输出为主，近代中国的半殖民地半封建社会经济形态最后形成并进一步深化。商品输出，顾名思义，就是西方列强向中国倾销工业品和掠夺原料，这些商品包括鸦片、西方列强本国的手工工厂所生产的产品，或者在通商口岸开设工厂（很少），利用中国廉价劳动力和原料，剥削中国人民。
商品输出较资本输出时间早，在1840年至1895年《马关条约》签订年间里，绝大部分都是商品输出。其本质是控制殖民地的市场。资本输出是用过剩资本向其他国家投资，例如在中国投资开办工厂，或利用雄厚的资本取得在中国的铁路权、开矿权等等。或用过剩资本作为贷款。其本质是通过资本控制殖民地的经济命脉（危机更加加深和严重）。
在西方列强看来，与其等着一味守旧的清政府最终被革命所推翻，不如督促清政府实行改革以消弥革命，这样才能维持中国地区局面的稳定和平，进而能够保证其在华利益长期存在。因此，《辛丑条约》签订之前和之后，列强多次向清政府提出改革的建议。从这一点上讲，清政府最后力行新政，在一定程度上含有迎合列强的因素。
清末新政后，民族经济的发展需要大量的资金，张謇是清末提倡实业救国论的代表人物，他提出过“棉铁主义”、发展外资等具体发展实业的措施。棉铁主义指以棉纺织业、钢铁业带动民族工业的发展，形成民族工业体系。他还主张以合资、借款、代办等形式，利用外国资本解决发展民族工业所需要的资金问题。但是列强也不欲中国蓦然走资而顿失既得，正是英、德、法、美等国以借款为诱饵，力争清政府将铁路收归国有，激化了清政府与民族资产阶级之间的矛盾。
强化国家机器
清末新政时，练新军、办警政，强化了专制的国家机器，有利于清政府对革命派反抗斗争的镇压。因为在清末，清朝旧式军队早已失去战斗力，而所编练的新军，战斗力有了明显的提高，再加上各地办起的警察，加强了对革命派反抗斗争的侦缉和镇压，这也是清末新政的一个恶果。
催生边疆问题
清末新政时期清政府开始改变原有的边疆地区治理模式，开放“蒙禁”，在青藏地区“改土归流”；同时将内地汉人大幅移民边疆地区；由于“新政”操之过急、措施不当，产生一系列问题。
一向享受清廷优遇的蒙旗王公贵族，不仅不能得到财政上的支持，而且还要另纳“报效银”，这就使蒙古地区财政状况陷于恶性循环之中，在蒙古增加的贡捐和新捐输，诸如烟、牛、草、车捐以及国民捐。仅库伦一地以商民每年被迫向清廷交纳的“包捐”银高达两万四千两。
清政府还通过发行国债即“昭信股票”来筹措资金，如土谢图汗、车臣汗两盟封建王公，哲布尊丹巴等上层喇嘛等，被“劝办昭信股票”，向清廷交纳报效银20万两，其中哲布尊丹巴一人报效银就6万两，各盟旗都有诸如此类的报效银两。虽然，他们可以从牧民身上搜刮来获得一定的补偿，但这使他们本已窘迫的财政更见襟肘产生危机；同时也使蒙古牧民的生计雪上加霜，这种恶性循环，也加剧了蒙古民族的离心力。
张荫棠和联豫在西藏推行新政的筹划实施中所谓“收回政权”，以汉官代替藏官治藏，这是当时西藏地方噶厦所无法接受的。达赖喇嘛在英军逼近拉萨的情况下不得已出走库伦，清政府却听驻藏大臣有泰的一面之词，革除了达赖喇嘛的名号，严重伤害了西藏人民的民族感情和宗教感情，进一步加深了清朝中央政府与西藏地方政府之间的裂痕。
过分强调“使通祖国语言文字”，而无视藏民族语言文字的教育。他们所说的“兴办教育”，实际上只是汉文汉语的教育。张荫棠印行《训俗浅言》和《藏俗改良》，极力宣扬“君臣有义”、“夫妇有别”以及“智、仁、勇、孝、悌、忠、信、礼、义、廉耻、合群”等孔孟纲常伦理，又对藏民族的习俗风尚横加指责，企图以儒家封建伦理取代藏民族的伦理习俗。这种文化自大心理以及以“开启民智”为名试图民族同化的政策在一定程度上损害了西藏僧俗的民族自尊心，加深了民族矛盾。
