清朝末年为什么留学生大部分去日本留学，这大致是有两方面原因导致的。
一方面，清朝末期，留洋是一个大趋势，特别是科举取消之后，很多人的阶层上升空间就没有了。当时学习西方先进的技术，也成为了很多有识之士的共识，而且回来之后发展空间很大。
比如第一批留美幼童回国的，都为清朝的现代化发挥着自己的巨大作用，他们其中有设计建造京张铁路的詹天佑、担任民国时期总理的唐绍仪和曾任民国外长的梁敦彦等等。但是官派欧美留学的名额有限，个人家庭负担去欧美留学的，实际上对家境有很高的要求，而且语言关是最大的障碍。甚至有很多人水土不服直接就病死在了欧美一辈子回不来的。
所以很多人更倾向于留学东洋，因为日本只明治维新之后，国力发展很快，特别是通过中日甲午战争和日俄战争得到了充分的验证。这就使得很多有识之士意识到到日本学习，比起到欧美
学习，可以更为直接有效，少走弯路。更关键的是，日本离中国很近，而且语言关更容易过，降低了学习的时间成本和生活成本，学习效率更高。有的很多东西经过日本翻译过来，可以直接拿过来用。所以那个时期“拿来主义”也颇为盛行。这样一来很多相对社会中低层学子同样可以参与进来，因为日本通行的也是汉字为主，所以学习语言的时间成本也很低，很多在日本学习军事的甚至都只会说一些简单的日语，并不需要太高深的日语水平。
最最关键的是，基本上留学日本和留学欧美归国的留学生们跻身社会上层，和关键职位的机会还是均等的。当时清朝向民国过渡，社会各个层面都需要人才，所以只要你在国外镀过金，机会很多，收入很丰，这和你去东洋留学还是西洋留学关系不太大。
胡适作为庚子赔款官费生从美国学成回国后，受聘为北京大学教授，一个月月薪220元大洋；鲁迅自费到日本留学，学成回国之后，担任浙江两级师范学堂（今杭州高级中学）生理学化学教员、绍兴中学堂教员兼监学、绍兴师范学校（今绍兴文理学院）校长等职务，月薪180块大洋，但是3年后受蔡元培之邀，到中华民国政府教育部工作，月薪300块大洋。但是后来到了北洋政府的时候老是欠俸，欠了鲁迅4960块大洋，鲁迅一怒之下到大学里去了，扯多了。
另一方面，日本人担心留学生进入政府高层之后，使得整个政府亲美，和美国以及欧洲抢夺生源。
有数据表明清朝从1896年第一批派出对日留学生，虽然比1872年第一批派出留美学生晚了24年，但是最终官派到日本去的留学生超过8000人，是官派留美人数的8倍。另外突然发现有这个赚留学生钱的市场，他们自然不会放过这种商机。自费的甚至达到几万人的规模，而日本专门为中国留学生开办的野鸡大学高达几百所。也算是一种赚钱教育产业吧。
近代到日本学习军事的人非常多，因为强国先强军。后来面对国内革命的浪潮，清政府和日本签署协议，不允许自费去学军事，学其他的不管。常凯申一开始自费到日本上了东京清华学校，在那里，认识了陈其美，为了学军事为革命做准备，就被迫回国考了段祺瑞的保定通国陆军速成学堂，才得以官派自费去的日本学习军事，最终成了孙中山看中的军事人才。
