内阁的职责是：“钧国政、赞诏命、厘宪典、议大礼”，“赞理机务、表率百寮”。具体说，凡下达的诏命，由它拟进与宣布。清初内阁与明朝内阁比起来，权力更加微不足道。
崇德元年（1636年），皇太极改文馆为内三院，职掌记注皇上起居、诏令，收藏御制文字，只要是皇帝用兵、行政事宜，编纂史书，撰拟郊天告庙祝文及升殿宣读庆贺表文，纂修历代祖宗实录，撰拟矿志文，编纂一切机密文移及各官章奏；掌记官员升降文册，撰拟功臣母妻诰命印文，追赠诸贝勒册文。
内三院实际上只是皇帝的机要秘书班子兼顾问集团，并不具有政府的职能，当时也没有建立起类似明朝内阁那样的票拟制度。在入关以前，内三院并不具有较高政治地位。
清定都北京后，任职内院的大学士们开始承担一些票拟事务，内三院从而具有了部分政府职能，这在客观上加速了清廷从统治东北一隅的地方政权到治理全国的中央政府的转变。
然而，当时内三院所票拟的大多是无关痛痒的“官民奏闻之事”，对朝廷“用人行政”却无发言权，这就不能不使部分推崇明制的汉族大学士感到失望，故而大学士冯铨、洪承畴对清廷权力分配发出不满之辞。
顺治十五年（1658年），清廷正式改内三院为内阁，使其成为名副其实的政府机构。然而，即使如此，清初内阁仍然不能和明朝，尤其是晚明内阁相提并论。
康熙帝亲政以后，重新将内三院改为内阁，内阁负责处理日常政务的职能进一步明确下来，随之而来，内阁权力有所加强，因而出现了明珠、徐元文、李光地等在朝中有一定影响的大学士。然而，明珠等人绝不可能危及皇帝的绝对权威。
具有明确权力意志的康熙皇帝始终坚持将政务大权牢牢控制在自己手中，康熙帝称：“今天下大小事务皆朕一人亲理，无可旁贷。若将要务分任于人则断不可行”。
运作形式
清初官员奏事，公事用题本，私事用奏本，题本用印，奏本不用印。乾隆前期以后，废止奏本，一概用题本。所谓票拟，就是内阁有权代替皇帝预先阅看官员的题本奏本，并且提出处理意见，写在一张小纸票上，然后呈送皇帝裁定。这种内阁预先用小纸票标写批答之辞，便叫作票拟，也叫作票签。然而内阁的权力愈来愈低。
清初，在内阁之外，设有议政王大臣会议，皆由满族大臣组成，凡军国机要重务都不经过内阁票拟，而径由议政王大臣会议策划方案，最后由皇帝裁决。康熙时又有南书房，翰林文学之士，入内当值。凡一切特颁诏旨，皆由南书房翰林撰拟，内阁之权更分。
到雍正年间，清廷又普遍推行奏折制度，凡属密办之事，皆令官员使用奏折直达皇帝，由皇帝亲自批答，发还奏人付诸执行。由此许多题本变成例行公事，已无机要可言，内阁之权力遂大为削弱。
